Het kan wel eens voorkomen dat het makelijker is om bestanden op de server zelf te verplaatsen of verwijderen. als je dat doet moet je die directory opnieuwe scannen. ga als volgt te werk.
plaats het bestand in de directory waar je het wilt hebben. default staat het in de de data dir van je Nextcloud. /var/www/nextcloud/data hier vind je je usernaam en daar onder een dir files. vanaf hier zie je de structuur die je ziet op de webclient en via de sync client.
Zet je bestand er bij en pas de owner en de group aan naar de webserver user en groep. in mijn voor beeld www-data

root@serverA:~# cp /root/padname-sort.txt /var/www/nextcloud/edwin/files/
root@serverA:~# chown www-data. /var/www/nextcloud/edwin/files/padname-sort.txt
root@serverA:~# ls -al /var/www/nextcloud/edwin/files
total 19664
drwxr-xr-x 4 www-data www-data 4096 Feb 26 12:20 .
drwxr-xr-x 4 www-data www-data 4096 Jan 16 13:33 ..
drwxr-xr-x 2 www-data www-data 4096 Dec 10 21:44 Documents
-rw-r--r-- 1 www-data www-data 4143665 Dec 10 21:44 Nextcloud Manual.pdf
-rw-r--r-- 1 www-data www-data 462413 Dec 10 21:44 Nextcloud.mp4
-rw-r--r-- 1 www-data www-data 15509460 Feb 26 12:20 padname-sort.txt
drwxr-xr-x 3 www-data www-data 4096 Dec 10 21:52 Photos

+---------+-------+--------------+
| Folders | Files | Elapsed time |
+---------+-------+--------------+
| 4 | 8 | 00:00:00 |
+---------+-------+--------------+